碇唯“復(fù)活”并沒(méi)有在nerv造成多大的影響，事實(shí)上除去冬月副司令和律子這樣的核心成員外，nerv幾乎沒(méi)人知道碇唯。
　　日子一天天過(guò)去，nerv的重建十分順利。與此同時(shí)，政府也開(kāi)始對(duì)nerv進(jìn)行了大刀闊斧式的改革。
　　出于對(duì)eva強(qiáng)大力量的恐懼，聯(lián)合國(guó)在一番討論之后出臺(tái)了《evangelion禁止法案》，決定禁止一切關(guān)于eva的使用和研發(fā)，現(xiàn)存的四臺(tái)eva、莉莉絲和郎基努斯之槍將全部沉入太平洋洋底，永久的封印起來(lái)。nerv也不再作為絕密的特務(wù)機(jī)關(guān)存在，而是改革重組成為一個(gè)全新的科研機(jī)構(gòu)，依舊附屬于聯(lián)合國(guó)，繼續(xù)研究生命進(jìn)化學(xué)。
　　碇源堂雖然依舊掌握著nerv，但是這時(shí)候已經(jīng)不能再他叫“司令”了，而應(yīng)稱他為“nerv研究院院長(zhǎng)”。冬月則拒絕了“副院長(zhǎng)”的頭銜，他說(shuō)既然一切都已經(jīng)結(jié)束了，他想回到校園做回自己的老本行，也就是老師，當(dāng)然，這不代表他離開(kāi)了nerv，他在nerv還掛著個(gè)“顧問(wèn)”的頭銜。
　　冬月拒絕了任聘后，這個(gè)副院長(zhǎng)的職位就自然而然的落在了美里的頭上，美里算是又升了一級(jí)，可喜可賀。律子依舊是nerv的首席科學(xué)家。加持則離開(kāi)了nerv，開(kāi)始真正為內(nèi)務(wù)府工作，據(jù)說(shuō)他也升官了。青葉茂、日向誠(chéng)、伊吹瑪雅自然還留在了nerv。
　　至于真嗣、明日香和麗，沒(méi)有了eva，現(xiàn)在他們只是普通的十四歲小孩子了，他們的生活重新歸于平靜，平靜的甚至有些無(wú)聊，但是真嗣和麗卻覺(jué)得這種無(wú)聊的日子十分幸福，只有明日香偶爾會(huì)發(fā)一聲牢騷“好無(wú)聊啊——”
　　在nerv重建的差不多后，政府開(kāi)啟了重建第三新東京市的項(xiàng)目，或許，現(xiàn)在應(yīng)該叫第四新東京市了。重建的第四新東京市就坐落在地底世界的戰(zhàn)場(chǎng)上，nerv“金字塔”的旁邊，政府似乎是打算把第四新東京市打造成一個(gè)國(guó)際科研都市，在政府和聯(lián)合國(guó)的大力支持下，第四新東京市日新月異，一棟棟高樓在“金字塔”旁拔地而起。
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　　一晃半年時(shí)間過(guò)去了，這一天，天剛剛亮李曉就早早的起床了。他先是沖了個(gè)澡，然后站在鏡子前，將頭發(fā)梳成大人模樣，再穿上一套帥氣西裝，看著鏡子里英姿勃發(fā)的自己，李曉滿意的點(diǎn)了點(diǎn)頭。
　　為什么今天李曉刻意打扮了一番，而且還穿的這么正式呢？那是因?yàn)榻裉焓且粋€(gè)特殊的日子，今天，美里和加持要結(jié)婚了！
　　一個(gè)月前，美里突然宣布她和加持要結(jié)婚了。經(jīng)過(guò)一個(gè)月的精心準(zhǔn)備，這一天終于來(lái)了。
　　兩人結(jié)婚的地點(diǎn)就選在nerv本部，一是因?yàn)榈谒男聳|京市還沒(méi)有建造好，二是因?yàn)檫@里承載了美里和加持太多的回憶，而且經(jīng)過(guò)一番重新裝修后，nerv的內(nèi)部結(jié)構(gòu)已經(jīng)完全變了，現(xiàn)在的nerv是一所純粹的科研機(jī)構(gòu)，這里不再對(duì)外保密，甚至允許研究人員將自己的家屬接進(jìn)來(lái)一起住，已經(jīng)儼然是一座埋在地下的小型都市了，而適合作為結(jié)婚場(chǎng)地的大型禮堂自然也是有的。
　　李曉來(lái)到禮堂的時(shí)候已經(jīng)是人山人海，他在人群中隨意的轉(zhuǎn)了一圈，忽然意外的發(fā)現(xiàn)在角落里的一張餐桌上，明日香和渚薰正坐在那里。渚薰同樣是一身得體的黑西裝，明日香則穿著一件熱情似火的紅色短裙禮服，這兩人的組合雖然十分稀奇，但是不得不說(shuō)俊男美女坐在一起還是相當(dāng)養(yǎng)眼的。
　　另外順便一提，渚薰還活著這件事碇司令已經(jīng)知道了，現(xiàn)在使徒已經(jīng)滅絕，eva也封印了，所以碇司令也沒(méi)說(shuō)什么，算是默認(rèn)了渚薰的存在。自從碇唯回來(lái)后，碇司令整個(gè)人就好像變了一樣，雖然依然總是板著個(gè)臉，但比之前可要有人情味多了。
　　李曉走過(guò)去，對(duì)明日香和渚薰打招呼：“你們倆夠早的啊?！?br/>