1607年的8月，朱由棟打著去方山避暑的名頭，直接停了他和南京大員們的每旬例會。一頭扎進了方山實驗室。
　　所謂方山實驗室，其實就是未來科學研究院的雛形。在這里面，分為幾個大類。
　　第一類是基礎科學，負責人是利瑪竇。其主要工作是編寫代數(shù)、幾何教材。
　　在穿越以前，朱由棟從小念書都跟‘學霸’兩個字無緣。當他那些天資聰穎的同學玩著玩著就考上了清華北大的時候。他只能通過自己日復一日的刻苦學習才考上了一所二本醫(yī)學院校。所以，深知自己并不是天才的朱由棟在爬科技樹的時候是非常老實的。他會耗費相當多的時間和精力，老老實實的把基礎打牢，然后再開始攀爬。
　　數(shù)學，并不會直接產(chǎn)生多少經(jīng)濟效益。但它是自然科學最基礎的學科，朱由棟生拉硬拽的把利瑪竇帶到南京，就是因為中國此時在數(shù)學上的水平已經(jīng)落后于西方，只有靠著外援來把這塊短板補齊。
　　第二類是理化實驗室。在玻璃制品迅速走向成熟后，特別是顯微鏡的使用和顯微倍數(shù)的不斷提高，使得這個實驗室的進展極為迅速。
　　當然，目前方山的顯微鏡都是光學顯微鏡，限于光的波長，這一類顯微鏡是不可能看到原子的。但在朱由棟這個穿越者的強硬干預下，方山理化實驗室直接制定出了元素周期表。并且有了簡單的分子結(jié)構圖。
　　有了這兩個東西后，各種物理，特別是化學實驗就有了理論指導。所以，當朱由棟來到這座實驗室后，負責這個實驗室的李之藻就激動的告訴他：硝酸甘油已經(jīng)可以在實驗室穩(wěn)定生成，硝化棉也初步合成，銀鏡反應也可以用于大規(guī)模生產(chǎn)。
　　“哦，這不就是說我們的鏡子還可以再賣二次錢？”
　　對于鉆到錢眼里的太孫，李之藻接觸久了也早就麻木了，根本就懶得譴責。再說了，這實驗室里的實驗做起來，要花的錢簡直海了去，別的不說，前幾天一小塊硝化棉引發(fā)的的爆炸，直接掀翻了半個實驗室。
　　“李先生做實驗的時候千萬要小心，特別是涉及到有爆炸可能的實驗。你對吾很重要，吾不能失去你?！?br/>　　“臣多謝殿下的關心，只是經(jīng)過殿下指點，臣只覺得進入了一個廣闊的新天地，有的時候，確實有些忘乎所以了。”
　　“嗯，總之李先生務必保重自己。哦，對了，硝酸甘油這個東西，可曾交給吳大夫的醫(yī)學實驗室做相關實驗？”
　　“五天前第一批硝酸甘油合成出來后，臣就馬上送了一批過去給吳大夫，吳大夫說要花點時間找體型肥胖，胸部常有繩索勒緊感的病人試藥。所以到底效果如何，臣還不知。不過下一次實驗室全體例會在五天后就要開了，到時候臣再問問吳大夫?！?br/>　　“很好。李先生，接下來，吾交給你的課題是，與兵器實驗室的趙先生合作，想辦法用硝酸甘油、木粉、硝石、碳酸鈣混合，做出穩(wěn)定的，便于攜帶的炸藥?！?br/>　　“太孫確定這四種東西混合在一起能夠產(chǎn)生比如今顆?；鹚幐鼜姷恼ㄋ?？”
　　“吾很確定。只是這四種東西彼此之間的比例到底要如何才是完美，這個就要李先生多費心了?！?br/>　　“是，如此，臣記下了?！?br/>　　第三個實驗室就是醫(yī)學實驗室。
　　“學生等拜見老師。”
　　“哎呀，諸位杏林前輩，你們也不看看吾的年紀，如何敢做你們的老師？”
　　“達者為先，殿下在醫(yī)學上的造詣我等盡皆嘆服不已，殿下理所當然當?shù)闷稹蠋煛??！?br/>　　“不敢不敢，在新醫(yī)方面，吾是有些奇思妙想。但在中醫(yī)岐黃之道上，吾要向你們學習的可還很多?！?br/>　　互相寒暄一陣后，朱由棟坐上主位：“又可，你開始吧?！?br/>　　“是，老師?！惫Ь葱卸Y后吳有性開口道：“借助于光學實驗室的顯微鏡和理化實驗室的純氧提取之法，本實驗室的青霉培養(yǎng)速度大大加快。最近兩個月，我們成功的在白喉病人身上提取出了白喉桿菌，在肺癰病人上提取出了金黃色葡萄球菌。近期，在使用本實驗室培養(yǎng)出的青霉對其攻擊后，均實現(xiàn)了完全殺滅。下一步，本實驗室計劃開始活體動物實驗。”