在那之后在陳明遇帶領(lǐng)下，江陰軍民又多次打退小股清軍的進(jìn)攻。同時(shí)嚴(yán)查城中奸細(xì)，宣布有能檢舉、抓獲奸細(xì)的人，賞銀五十兩（江南富庶）。
????閏六月二十一，清貝勒、大將博洛命降將劉良佐統(tǒng)重兵包圍江陰城，二十四日，劉良佐作招降書一紙，從東城外射進(jìn)。江陰軍民公議后，回書拒絕。
????劉良佐見勸降無效，便四處捕殺城外義兵，企圖斷絕城內(nèi)軍民外援。七月初一日，開始攻城。城中嚴(yán)密防御，清兵箭如雨注，城上的人一手拿鍋蓋遮蔽，一手接箭，每天能得到箭三四十萬，故有草船借箭，其中頗有杜撰成分，而江陰民眾鐵鍋借箭千真萬確。
????江陰形勢(shì)的日益嚴(yán)峻，陳明遇雖忠肝義膽，卻自感缺乏軍事組織才能，于是想起了前典吏閻應(yīng)元智勇雙全，如此推舉閻應(yīng)元引導(dǎo)江陰民眾反抗蠻清。
????陳明遇專門委派十六人連夜出城，到閻應(yīng)元住請(qǐng)他出山，閻應(yīng)元正義凜然的問道：“你們?nèi)裟苈爮奈业拿睿铱梢猿錾?。若不聽從?hào)令，那請(qǐng)你們另請(qǐng)高明吧。”
????眾人紛紛表示同意，九日，閻應(yīng)元帶領(lǐng)江陰祝塘少年六百人執(zhí)械入城，途經(jīng)七里廟時(shí)，在墻壁上題詩，表達(dá)了自己誓死抗?fàn)幍臎Q心。
????入城后，閻應(yīng)元立即把全城的戶口分別丁壯老幼詳加調(diào)查，挑選年輕力壯的男子組成民兵，會(huì)合鄉(xiāng)兵二十余萬人，分班上城，每個(gè)城垛十名，按時(shí)換班。
????由武舉人王公略守東門，汪把總守南門，陳明遇守西門，閻應(yīng)元自任守北門。
????在這期間，閻應(yīng)元和陳明遇兼負(fù)晝夜巡查四門的責(zé)任，對(duì)城中過往行人嚴(yán)加盤詰，肅清內(nèi)奸。
????為了解決軍械糧餉供應(yīng)，閻應(yīng)元同紳民商議后，委任擅長(zhǎng)理財(cái)人士負(fù)責(zé)把城內(nèi)公私所藏物資分類征集，統(tǒng)一分配使用。
????在閻應(yīng)元的領(lǐng)導(dǎo)下，很快就做到了人盡其才，物盡其用，各方面的工作做得井井有條。
????在其領(lǐng)導(dǎo)下，江陰民眾先后多次大敗蠻清，斬殺蠻清大將，迫使清朝主將劉良佐跪在江陰城下，苦苦哀求義軍歸還其人頭。
????義民不但多次大敗圍攻江陰的部眾，而且以江陰為據(jù)點(diǎn)，旋起反對(duì)蠻清剃發(fā)的**。周圍士民為閻應(yīng)元高義所感動(dòng)，紛紛率兵來投。
????如黃蜚、吳之葵率領(lǐng)援兵與清貝勒博洛大軍大戰(zhàn)于太湖。
????海盜顧三麻子因敬慕閻應(yīng)元的為人，率舟師來援，苦戰(zhàn)三日后終于被優(yōu)勢(shì)清軍所擊敗，不得不領(lǐng)軍遠(yuǎn)遁。
????秀才金礦會(huì)集精勇四百余人來援，被劉良佐以鐵騎三千截在周莊左右，全軍俱沒。
????……
????在優(yōu)勢(shì)清軍圍攻之下，江陰城陷入孤立無援的境地，即便這樣，閻應(yīng)元還是堅(jiān)持抵抗。
????六月十四日，閻應(yīng)元利用清軍勸降之機(jī)，派出百余名壯士，以奉送“降禮”為名,暗攜火器進(jìn)入清軍營(yíng)帳,炸死清軍官兵兩千余人。
????十七日夜，閻應(yīng)元挑選勇士千余人從南門出發(fā)劫敵營(yíng)，大家或時(shí)候執(zhí)板斧，或手執(zhí)短刀，或手扁擔(dān)，一聲令下，眾人突入敵營(yíng)之中，殺傷千余人后徐徐退回營(yíng)中。
????在迭連遭到慘敗之后，十八日清軍主將劉良佐令十方庵的僧侶向城跪泣，陳說利害，勸江陰軍民早降。城中皆愿以死報(bào)國(guó)，要他速去。當(dāng)晚，僧人又來勸降，再次被眾人遣走。
????十九日，劉良佐策馬來到城下，勸江陰百姓說道：“弘光帝已經(jīng)被大清抓住了，目前整個(gè)江南都攻下了。若閻應(yīng)元等人投降，爵位豈在我劉良佐的下面呢？你們的壯舉天下聞名，你閻應(yīng)元與江陰百姓不要玉石俱焚啊？
????閻應(yīng)元從容回答道：“自大明建立三百來年，江陰百姓生活在這里，深受大明的恩惠，怎么可能投降蠻清，做一個(gè)北面的胡人？
????我閻應(yīng)元是大明的典史，深知大義所在，絕不服事二君。你劉良佐我大明皇帝封你為侯爺，你掌握重兵，但你進(jìn)不能恢復(fù)中原，退不能保障江左，有何面目見我江東忠義士民??？”
????劉良佐慚愧不已，不得不出使偽蠻清朝廷的文書相告，勸江陰士民接受招安。
????閻應(yīng)元大怒，罵道：“有投降的將軍，沒有投降的典史?！?br/>
????隨著一聲梆響，火箭齊發(fā)，劉良佐連跨三四馬逸去，逢人便說“江陰人沒救了啊”
????蠻清豫親王多鐸聽到一個(gè)江陰縣城居然攻打不下，感到非常震怒，他先是派恭順王孔有德率所部兵馬協(xié)助劉良佐，但是沒有成功”